今日の夜に,今度はじめる研究テーマについての意見交換を行いました。
結果が思うように出ればかなり大きな話になるとは思っています。たぶんあっさりうまくいくと思いますけど。

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少し前の”Science”に研究結果の再現性についての特集がありました。ここでもすこし紹介しました。

少なくとも自分の研究室でのデータの再現性こそ実験研究者が死守するべきものだと思います。
しかし実験結果が再現できないということはしばしば起こります。素粒子が研究対象であるような場合には対象に内在する問題があるのかもしれませんが,生物学では一般にそのようなことが原因という訳ではありません。
高尚な理論的な議論は置いて,量的な問題と質的な問題に分けてぼくの対処法を書いてみます。

量的な問題
1.他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果に量的に異なる場合
例えば,ある物質がある遺伝子の発現を25倍は誘導すると他人が報告しているときに自分たちは5倍の誘導しか観察できない場合があったとします。このようなことはよくあります。RT-PCRで検討している場合でもreporterを用いる場合でも世界中で全く同一の実験系を用いているわけではありませんからこのような量的な差は容易に生じます。一般にこのような差を大きな問題として取り上げることはないと思います。
ただiPS cellみたいに効率が問題となる場合やニュートリノの速度のように量自体が問題となっている場合はあると思います。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞,HEK293細胞と云ってもぼくらの研究室にあるものと隣の研究室のものとはある側面に置いては違いはあるかもしれません。

2. ある実験者のデータが量的にばらつく場合
一方自分で同一の実験系を用いていて例えばある時には25倍,またあるときには5倍となっているとすれば実験条件などを検討して改善を目指します。細胞の培養日数などをチキンとそろえる,温度をしっかりと管理するなどなど自分でしっかり実験をコントロールする必要はあります。こうした工夫の末,ばらつきがある範囲に収まればめでたしめでたしですがそうで無い場合はデータの扱いに悩むことになります。同じ研究室の別の人の”手”を借りることになるかもしれません。

質的な問題
これはすこし厄介です。

1.他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果が質的に異なる場合
この場合気にする人は気にするかもしれませんがぼくはあまり気にしません。自分の研究室内で明確にで再現が取れるのであればそれを信じます。他人がやった事などどれくらいの精度で行われたのか解らないから問題にし無い場合がほとんどです。
2. 自分の研究室の過去のデータと現在のデータが質的に異なる場合
これは「1」に比べればよりシリアスな問題です。原因を探ります。PCRのprimerやplasmidに原因が見つかることもあります。細胞の培養方法に違いがありそれが原因のこともあります。とにかくこれは結構しつこく追究します。解決しない場合もありますしあっさり解決がつく場合もあります。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞,HEK293細胞と云っても数年間のHeLa細胞,HEK293細胞とはおなじ出ない可能性はあります。
3. ある実験者のデータがある実験者で質的にばらつく場合
実験をはじめたばかりの実験者であれば「手」が安定するのを待つことになります。研究の方針を立てるためにまず上級者に実験を代行してもらうときもあります。それでも解決できなければ「筋が悪い」のでその実験はストップということもあります。

いろんな観点から再現性は挑戦を受けます。だから研究っていかがわしいと思う人もいると思います。
でも自分の研究結果が何百回も引用されていく過程を見るのはとても爽快です。

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土曜日の夜に皆既月食があり自宅で見物できました。
基本晴れの夜空に雲が漂い月食が重なり幻想的な天体ショーを堪能できました。いくら思い出そうとしても土曜日ほど見事な月食を過去に観たと記憶はありません。
現代の天文学の水準では,この月食が何日の何時から何時まで起こるのかを正確に予想できるわけですが(まさに天地明察です),少なくとも江戸時代にはこのような事は不可能でした。このような暦とか天体の動きを支配するのは「神」でありこれが正確に予想できると言うことは神の意志を代弁者と思われるのも無理は無いと思います。だからこそ暦を支配するということが重要視されていたのだろうと思います。

今日出勤の時に撮った写真です。

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古今和歌集に

春の夜の夢の浮橋とだえして峰にわかるる横雲の空

という歌があります。季節は違います-もちろん春にも似たような雲が観察できます-がおなじ光景を定家も見ていたのだと思います。

柴谷篤弘さんをテーマにしたシンポジウムが開かれるようです(参照)。

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「天地明察」を読んで

On 2011/8/29 月曜日, in book, Lifehacking, Thus Spoke Dr. Hypoxia, by bodyhacker

天地明察読みました。

話題になった本ですが少し時間が経っていてだいぶ安く買えました。
渋川春海を主人公とした江戸時代初期の改暦をめぐる物語です。
理系男子 渋川春海がさまざまな困難を乗り越えて最終的には 貞享暦への改暦に成功するまでの彼の遍歴が物語として描かれています。
小説として読むと途中すこし散漫なところもあると思いましたが,中盤から改暦がなると言う場面までは一気呵成に読めて大変堪能しました。
本を読まずともwikiのリンクをたどるだけで歴史的な経緯はすべて解ってしまいます。逆にこの本を読むとこのような歴史的な経緯もしっかりと記述されていてその意味では立派な理系小説になっています。

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NHKの番組で「空海と至宝」という三部の構成の企画がありました。録画したものを観ました。

室戸岬の御厨人窟(みくろど)で修行をして,最終的に悟りに到達した折りに,口に明星が飛び込んできたという記述が「三教指帰」 にあるのですが,その洞窟からその当時どのような星空が見えたかという簡単なシミュレーションが紹介されていました。
これまさに「天地明察」です。

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金曜日の島岡先生の講演会の様子はビデオ撮影しました。音がそのように保存されているか心配だったのですが十分内容が分かる程度には撮影,録音されていたようです。適当な処理をして近々公開を計画していますが,もうすこし時間をいただきます。

先生のいくつかの提言のうち印象深かったものの一つに,年齢や業績に関わりのない”論壇”が科学や医学の分野で形成されるべきではないかということがありました。
島岡さんはリアルな科学的な業績でも大変立派なものをお持ちですのでこういったセミナーでの講演も大変な説得力で聴衆に迫ることができますが,まだ駆け出しの大学院生や研修医の意見が議論の俎上に上がる場というものはありません。

例えばぼくが同じ事を研究室で語ったとしてもぼくの言説などには大きな注意は払われないのです。

また,特に臨床医学では,一種の「経験」がものを言う世界ですのでなおさらです。そういった論壇が樹立されてかつ麻酔記録が電子的にアーカイブされれば今の形の学会などの必要性などなくなりますよ (参照)。これに関しては,講演後,医学研究科に医学部卒後臨床研修無しに進学した大学院生とすこし個人的にも話しました。
また少なくともうちの大学の医学研究科の教授はこのキャリアアップセミナーでご自分の研究生活について独自の視点から順番で講演したらよいのでは無いかと思いました。参加者の人数で人気投票的になったりするかもしれません。臨床科では妙な動員がかかったりするかもしれませんがそれはそれで面白いです。皆さん忙しいので無理でしょうか,ははは。

講演会をご自身で振り返ったtweetsがあります。
参照1, 参照2
渋川春海はscientific drive に空海はmission-driveが原動力だった人達ですね。

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家内観るというので「神様のカルテ」を 観ました。これは何とも酷い映画ですね。
大学病院に行くと時間的な余裕ができるなどという妙な言説を世の中に拡げないでください。大学に異動して以来どんどん研究時間や自分の時間が少なくなっています。

天地明察

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