少し前の”Science”に研究結果の再現性についての特集がありました。ここでもすこし紹介しました。

少なくとも自分の研究室でのデータの再現性こそ実験研究者が死守するべきものだと思います。
しかし実験結果が再現できないということはしばしば起こります。素粒子が研究対象であるような場合には対象に内在する問題があるのかもしれませんが，生物学では一般にそのようなことが原因という訳ではありません。
高尚な理論的な議論は置いて，量的な問題と質的な問題に分けてぼくの対処法を書いてみます。

量的な問題
1．他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果に量的に異なる場合
例えば，ある物質がある遺伝子の発現を25倍は誘導すると他人が報告しているときに自分たちは5倍の誘導しか観察できない場合があったとします。このようなことはよくあります。RT-PCRで検討している場合でもreporterを用いる場合でも世界中で全く同一の実験系を用いているわけではありませんからこのような量的な差は容易に生じます。一般にこのような差を大きな問題として取り上げることはないと思います。
ただiPS cellみたいに効率が問題となる場合やニュートリノの速度のように量自体が問題となっている場合はあると思います。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞，HEK293細胞と云ってもぼくらの研究室にあるものと隣の研究室のものとはある側面に置いては違いはあるかもしれません。

2. ある実験者のデータが量的にばらつく場合
一方自分で同一の実験系を用いていて例えばある時には25倍，またあるときには5倍となっているとすれば実験条件などを検討して改善を目指します。細胞の培養日数などをチキンとそろえる，温度をしっかりと管理するなどなど自分でしっかり実験をコントロールする必要はあります。こうした工夫の末，ばらつきがある範囲に収まればめでたしめでたしですがそうで無い場合はデータの扱いに悩むことになります。同じ研究室の別の人の”手”を借りることになるかもしれません。

質的な問題
これはすこし厄介です。

1．他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果が質的に異なる場合
この場合気にする人は気にするかもしれませんがぼくはあまり気にしません。自分の研究室内で明確にで再現が取れるのであればそれを信じます。他人がやった事などどれくらいの精度で行われたのか解らないから問題にし無い場合がほとんどです。
2. 自分の研究室の過去のデータと現在のデータが質的に異なる場合
これは「1」に比べればよりシリアスな問題です。原因を探ります。PCRのprimerやplasmidに原因が見つかることもあります。細胞の培養方法に違いがありそれが原因のこともあります。とにかくこれは結構しつこく追究します。解決しない場合もありますしあっさり解決がつく場合もあります。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞，HEK293細胞と云っても数年間のHeLa細胞，HEK293細胞とはおなじ出ない可能性はあります。
3. ある実験者のデータがある実験者で質的にばらつく場合
実験をはじめたばかりの実験者であれば「手」が安定するのを待つことになります。研究の方針を立てるためにまず上級者に実験を代行してもらうときもあります。それでも解決できなければ「筋が悪い」のでその実験はストップということもあります。

いろんな観点から再現性は挑戦を受けます。だから研究っていかがわしいと思う人もいると思います。
でも自分の研究結果が何百回も引用されていく過程を見るのはとても爽快です。

土曜日の夜に皆既月食があり自宅で見物できました。
基本晴れの夜空に雲が漂い月食が重なり幻想的な天体ショーを堪能できました。いくら思い出そうとしても土曜日ほど見事な月食を過去に観たと記憶はありません。
現代の天文学の水準では，この月食が何日の何時から何時まで起こるのかを正確に予想できるわけですが(まさに天地明察です），少なくとも江戸時代にはこのような事は不可能でした。このような暦とか天体の動きを支配するのは「神」でありこれが正確に予想できると言うことは神の意志を代弁者と思われるのも無理は無いと思います。だからこそ暦を支配するということが重要視されていたのだろうと思います。

今日出勤の時に撮った写真です。

古今和歌集に

春の夜の夢の浮橋とだえして峰にわかるる横雲の空

という歌があります。季節は違います-もちろん春にも似たような雲が観察できます-がおなじ光景を定家も見ていたのだと思います。

柴谷篤弘さんをテーマにしたシンポジウムが開かれるようです(参照）。関連するエントリー:

• ”見下してはいないが失望はしている”
• HeLa本
• 疑問氷解または持つべきものはよい共同研究者
• 今週の一押し:2008-#34: “Bad science”
• “過剰と破壊の経済学”を読んで

でも雪の京都東山ってほんとにきれいです。
みんな一度は京都で研修したらいいのに。
今からでも間に合うよ。

今まで研究室のメンバーと行っていたjournal clubをH田さんの研究室の人たちと一緒に行う事にして今日再開第一回目の会がありました。
第一回目はぼくが担当して少ししゃべりすぎました。力を抜いて継続できることを第一目標にやっていけばいいと思います。
学内で興味のある人がいたら参加大歓迎です。火曜日の16時から1時間の予定でやります。

In Vivo Imaging of HIF-Active Tumors by an Oxygen-Dependent Degradation Protein Probe with an Interchangeable Labeling System.

PLoS One. 2010 Dec 23;5(12):e15736.

出てますね。このprobeすごいと思います。

Hypoxia-inducible factor inhibitors: a survey of recent patented compounds (2004 – 2010).

Expert Opin Ther Pat. 2011 Jan 6.

ほんといろいろありますね。どれが抜け出すのか全部こけるのか、どうなんでしょう。

最後に

Perioperative opioid requirements are decreased in hypoxic children living at altitude

Pediatric Anesthesia Volume 20, Issue 12, pages 1078–1083, December 2010

ほんとなんですかね。びっくりです。

筋弛緩薬投与事件ですがこんなのができてたんですね。

「司法事故を考える」
読みました。

いわゆる仙台筋弛緩剤中毒事件は、患者を全く診察していない医師が病気を殺人と誤認したための冤罪でした。それは筋弛緩剤中毒でも、事件でもなかったのです。

と言い切れるのでしょうか。ぼくには解りません。

裁判では筋弛緩の投与量などの認定はあったのでしょうか。それが解るとぼくらでもなんとか考えることができるのですけど。

患者さんの死因は原疾患と議論に登っている筋弛緩薬の投与を軸に考えると

1. 筋弛緩薬投与有り　死因は筋弛緩による窒息
2. 筋弛緩薬投与有り　死因は原疾患関連
3. 筋弛緩薬投与無し　死因は原疾患関連

の三通りとなると思います。（その他まったくこれとは別の理由もあるかもしれませんが除外します）

1と２の場合事件となり、３の場合はこれは事件でなかったということになるのでしょう。
裁判所は１と認定したのですが池田氏は３と主張しているのです。

主張の理由がどうもぼくには弱いような気もします。鑑定をしたその時点で東北大学の教授であった橋本氏を中傷しているだけのような気もします。
例えば池田氏の意見書に

橋本氏はマスキュラックスの効果が現れる筋肉の順序を誤解していました
橋本氏は,マスキュラックスの効果は,A 子さんの症状が現れた順番通りに,目の周りの筋肉 に最初に現れ,その後に顔面,それから後に喉の筋肉,その後に横隔膜と主張しています(橋本 保彦証人尋問調書 平成 13 年(わ)第 22 号等 P2).しかし,事実は違います.マスキュラッ クスの効果は,目の周りの筋肉よりも横隔膜の方に先に現れます.この事実は, Anesthesiology という,麻酔学の分野では世界的に有名な雑誌で,1990 年に報告されています[参考文献 6].こ の論文には,マスキュラックス投与後,横隔膜には投与後 2.2 分で効果が現れるが,眼輪筋とい う目の周りの筋肉に効果が現れるまでに 3.4 分かかると明記してあります.橋本氏はこの文献を 確認すべきでした.もし,確認していれば,A 子さんの症状の現れ方はマスキュラックスの作用 と違うことに気づき,誤診を避けられました.

とありますがこの論理展開はぼくにはよく理解できません。

そもそもDonati F, Meistelman C, Plaud B. Vecuronium neuromuscular blockade at the diaphragm, the
orbicularis oculi, and adductor pollicis muscles. Anesthesiology 1990;73:870-875.という論文は「ベクロニウムの効果は,目の周りの筋肉よりも横隔膜の方に先に現れます」ということを証明した論文と言うより眼輪筋の弛緩の度合いを神経刺激装置を援用して評価した場合、横隔膜の弛緩度と非常によい相関があるということを証明したと解釈すべきなのではないでしょうか。また横隔膜では眼輪筋より早く神経刺激装置で評価した筋弛緩作用が現れるからといってそれが今回の橋本氏の鑑定にどんな影響を与えるのと言うのでしょうか。

また「ベクロニウムを検出したとする鑑定に科学性はありません」との主張です。

人の患者全ての生体試料からベクロニウムを検出したと主張している科捜研の鑑定も第三者機関が全面的に見直す必要があるのです。

とも主張しておられますがこの主張自体にまったく科学性はありません。一般論を述べているだけです。
少なくとも筋弛緩薬が患者から検出されたとしたら１か２なのですからこれは事件となるはずです。この場合、死因に筋弛緩薬の投与が無関係でもなんでもそうなのです。

大阪府警科捜研のベクロニウム検出法については、特異度の検討を行いたくても行えない状況です。全量消費で試料が残っていないからです。ですから、ベクロニウムでなく、別のものを検出した疑いに対して、何らの客観的な反証データも示せないのです。

この状況でそれではどうしろというのでしょうか。
またページ最後に
「Publication List including papers on NEJM, Lancet and BMJ」
という池田氏の publication listへのリンクが張ってあります。これはなんなのでしょうか。意味が不明です。

とにかく俺には解らんよ。誰か教えて。

「正義」を考える―生きづらさと向き合う社会学
を読みました。
帯に「大澤社会学、至高の到達点！」とありますがあながち誇張ではありません。
文章が話し言葉で書かれている分だけ「至高」性を減ぜられると思いますがこれはよい本だと思います。

関連するエントリー:

• さっき麻酔終わった
• われわれにとって再現性とは「何」か
• H-index pathology
• PLoS ONE
• 「雲洞庵の土踏んだか」

職場は景色だけは超一級です。

窓から如意ヶ嶽、比叡山や東山の寺院を見渡すことができます。

今日もいい感じの冬の雲が浮かんでいて雲の影が山に投影されて同僚としばし眺め入っていました。

こんな眺めのいい手術室は世界中を探してもここにしかありません。
こんな職場で働いてみませんか　ーぼくは飽きたけどー

今日
日本ITの国際競争力
というブログエントリーを読みました。
表の技術力、裏の技術力という考え方にハタと思いつくことがありました。

お昼に食べた野菜カレーです
かかっているのはだだのレトルトカレーなのですが少しの工夫でゴージャスなカレーになります。

投稿の後にまた投稿というわけでどんどんいきます。

関連するエントリー:

• ‘メールを使った問題解決手法’IDEA*IDEAから
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