少し前の”Science”に研究結果の再現性についての特集がありました。ここでもすこし紹介しました。

少なくとも自分の研究室でのデータの再現性こそ実験研究者が死守するべきものだと思います。
しかし実験結果が再現できないということはしばしば起こります。素粒子が研究対象であるような場合には対象に内在する問題があるのかもしれませんが，生物学では一般にそのようなことが原因という訳ではありません。
高尚な理論的な議論は置いて，量的な問題と質的な問題に分けてぼくの対処法を書いてみます。

量的な問題
1．他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果に量的に異なる場合
例えば，ある物質がある遺伝子の発現を25倍は誘導すると他人が報告しているときに自分たちは5倍の誘導しか観察できない場合があったとします。このようなことはよくあります。RT-PCRで検討している場合でもreporterを用いる場合でも世界中で全く同一の実験系を用いているわけではありませんからこのような量的な差は容易に生じます。一般にこのような差を大きな問題として取り上げることはないと思います。
ただiPS cellみたいに効率が問題となる場合やニュートリノの速度のように量自体が問題となっている場合はあると思います。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞，HEK293細胞と云ってもぼくらの研究室にあるものと隣の研究室のものとはある側面に置いては違いはあるかもしれません。

2. ある実験者のデータが量的にばらつく場合
一方自分で同一の実験系を用いていて例えばある時には25倍，またあるときには5倍となっているとすれば実験条件などを検討して改善を目指します。細胞の培養日数などをチキンとそろえる，温度をしっかりと管理するなどなど自分でしっかり実験をコントロールする必要はあります。こうした工夫の末，ばらつきがある範囲に収まればめでたしめでたしですがそうで無い場合はデータの扱いに悩むことになります。同じ研究室の別の人の”手”を借りることになるかもしれません。

質的な問題
これはすこし厄介です。

1．他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果が質的に異なる場合
この場合気にする人は気にするかもしれませんがぼくはあまり気にしません。自分の研究室内で明確にで再現が取れるのであればそれを信じます。他人がやった事などどれくらいの精度で行われたのか解らないから問題にし無い場合がほとんどです。
2. 自分の研究室の過去のデータと現在のデータが質的に異なる場合
これは「1」に比べればよりシリアスな問題です。原因を探ります。PCRのprimerやplasmidに原因が見つかることもあります。細胞の培養方法に違いがありそれが原因のこともあります。とにかくこれは結構しつこく追究します。解決しない場合もありますしあっさり解決がつく場合もあります。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞，HEK293細胞と云っても数年間のHeLa細胞，HEK293細胞とはおなじ出ない可能性はあります。
3. ある実験者のデータがある実験者で質的にばらつく場合
実験をはじめたばかりの実験者であれば「手」が安定するのを待つことになります。研究の方針を立てるためにまず上級者に実験を代行してもらうときもあります。それでも解決できなければ「筋が悪い」のでその実験はストップということもあります。

いろんな観点から再現性は挑戦を受けます。だから研究っていかがわしいと思う人もいると思います。
でも自分の研究結果が何百回も引用されていく過程を見るのはとても爽快です。

土曜日の夜に皆既月食があり自宅で見物できました。
基本晴れの夜空に雲が漂い月食が重なり幻想的な天体ショーを堪能できました。いくら思い出そうとしても土曜日ほど見事な月食を過去に観たと記憶はありません。
現代の天文学の水準では，この月食が何日の何時から何時まで起こるのかを正確に予想できるわけですが(まさに天地明察です），少なくとも江戸時代にはこのような事は不可能でした。このような暦とか天体の動きを支配するのは「神」でありこれが正確に予想できると言うことは神の意志を代弁者と思われるのも無理は無いと思います。だからこそ暦を支配するということが重要視されていたのだろうと思います。

今日出勤の時に撮った写真です。

古今和歌集に

春の夜の夢の浮橋とだえして峰にわかるる横雲の空

という歌があります。季節は違います-もちろん春にも似たような雲が観察できます-がおなじ光景を定家も見ていたのだと思います。

柴谷篤弘さんをテーマにしたシンポジウムが開かれるようです(参照）。関連するエントリー:

• ”見下してはいないが失望はしている”
• HeLa本
• 疑問氷解または持つべきものはよい共同研究者
• 今週の一押し:2008-#34: “Bad science”
• “過剰と破壊の経済学”を読んで

昨日書店で見かけた「自分のアタマで考えよう」を電車内で読みました。

目次からわかるように、この本は、ちきりんが情報やデータなど何かの「知識」を得た時に、それをどう「思考」につなげているか、という“ちきりん流”「知識から思考への転換プロセス」について説明した本です。

とご本人も解説しておられます。
構成は次の通り。

＜目次＞

はじめに

序　章

「知っていること」と「考えること」はまったく別モノ

第一章

最初に考えるべき「決めるプロセス」

第二章

「なぜ？」と「だからなんなの？」と問うこと

第三章

あらゆる可能性を検討しよう

第四章

縦と横に比べてみよう

第五章

判断基準はシンプルが一番

第六章

レベルを揃えて考えよう

第七章

情報ではなく「フィルター」が大事

第八章

データはトコトン追い詰めよう

第九章

グラフの使い方が「思考の生産性」を左右する

終　章

　

知識は「思考の棚」に整理しよう

おわりに

この本の読者として「ちきりん」さんが想定しているのは近い将来就職活動をする予定の大学生と云うところかもしれませんがここでのknow-howというか方法論の適応範囲は日常生活全般に及ぶでしょうし例えば大学で行われている研究もその例外ではありません。
時間があったので目次に沿って少し書いてみます。

#「「知っていること」と「考えること」はまったく別モノ」

教科書に書いてあることや他人がすでに発表したことをいくら知っていていても研究者としてはどうにもなりません。このことを肝に銘じることは研究の初歩の初歩です。
むしろ知識をいったん「思考の舞台の外」に分離して自分のアタマで考えることが必要なのです。

#「最初に考えるべき「決めるプロセス」」

「「考える」とはインプットをアウトプットに変換することです」という言い方は実践的だと思います。

「実験」をたくさんしても「決める」つまり命題に解を与えることに結びつかない「実験」はタダの作業にしかすぎません。体力，精神力，時間，お金の無駄になる場合もあります。なので「決めるプロセス」を考えることは重要で，これを学ぶことが大学院の大きな課題の一つだと思います。

#「「なぜ？」と「だからなんなの？」と問うこと」
これにはうまいコメントが書けません。

#あらゆる可能性を検討しよう
構成要素に分解してあらゆる可能性を列挙できる力が付いていれば一人前です。

#「縦と横に比べてみよう」
これ重要です。本をじっくり読んで技法を理解して見ましょう。

#「判断基準はシンプルが一番」
判断の内容はいろいろあります。ぼくは研究で一番重要な判断は，プロジェクトを継続するのか打ち切るのかを決めるところだと思っています。ある程度十分な状況証拠があって始めたプロジェクトでも迷い道に入り込んでしまう場合があります。いろんな要素があるので判断が付きにくいときは2×2の単純なマトリックスを頭に描いて決めてしまうしかありません。

#「レベルを揃えて考えよう」
これって査読への反論の時に重要かもしれません。図44をよく吟味しましょう。

#「情報ではなく「フィルター」が大事」
自分独自の価値判断を持ってすべての事柄をフィルタリングする必要があります。
漠然と何かを解明したいという事だけではゴールにたどりつけません。「医学の発展に貢献したい」などという動機が如何に実際には役に立たないかを知ることになります。
テーマを選ぶ場合にも学問的な価値の他に，この仕事は一ヶ月で終わる一方これは一年かかるという判断をする必要があります。場合によっては「これはギャンブル」というテーマもありますがその場合，ある程度確実性の高いテーマと抱き合わせで望まないと学生をつぶすことになります。若くて資金が潤沢にある人はそれでも良いかもしれませんがそうで無い場合またあなたがポスドクや学生ならボスの根拠のない夢と心中する訳にはいかないでしょう。
また「フィルター」というか切り口をうまく創造してゲームの規則を決めることができれば一生食いはぐれることはないのだと思います。
あらゆる生命現象に「酸素が足りているかどうか」とそこから直接派生する事象からの観点を持ち込むことになったhypoxia-inducible factor の研究はその好例です。分裂酵母を材料に生命現象に切り込んでいった御大もその一人だと思います。

#「データはトコトン追い詰めよう」
データはまず自分で解釈しましょう。個々の実験データはinconsistentな場合があります。様々な原因があります。単なる技術的な未熟さが原因の場合もあるし本質的な事柄に起因する場合もあります。そのデータがどれくらいの確実度を持っているのかは実験をした本人しかわかり得ないことなのです。まず自分で質も含めてよく吟味するというプロセスを経ないとそのたびに整合性の取れないデータが並ぶだけで命題の解を与えることはできません。
その結果，他人が報告している実験結果が自分の実験結果が表面的に食い違ったとしても慌てる必要はありません。

#「グラフの使い方が「思考の生産性」を左右する」
ぼくはグラフで考えることはしませんが「KJ法」は今でも採用しています。 stickyな付箋紙に項目を書いて並べ替えたりして考えます。付箋紙を使わなくともOmniOutlinerで項目を書き出し順番や包含関係を考えます。

# 知識は「思考の棚」に整理しよう
まとめの章です。

また自分のアタマで考えることを研究を通して学ぶことが大学院の目的だと思います。そのためには必ずしも”有名”研究室に所属する必要はありません。「自分のアタマで考えよう」の方法論を愚直に実践することの方が重要かもしれません。

ただそう考えてくると「自分のアタマで考えよう」も「もしドラ」ー本は読んでいないのですが先日飛行機で映画を見ましたーも大して変わりが無いような気がしてきました。

御大柳田先生砲が炸裂です。どんどんやっていただきたいと思います。

今日の朝日新聞の朝刊の山形浩生さんによる「スティーブ・ジョブズ」の書評すごかったですね。当たっているだけに困ってしまいます。
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30日の午後から 1Q84を読み始めました。

book1の扉での引用

ここは見世物の世界

何から何までつくりもの

でも私を信じてくれたなら

すべてが本物になる

の意味がよく解ったような気がしました。

四年生の時小学校の教室で見つめ合い手を握りあった数秒間の交感の意味を信じて人生を送っている二人の愛の物語であり、一回でも確かに愛されたという経験があればその後の人生をその記憶を抱いて生きていけるという物語でもあります。

論文の作業をしながら、NHKが 2004年に放送したテレビ番組BSドキュメンタリー「史上空前の論文捏造」の再放送を見ました。

ヘンドリック・シェーンという若い科学者がnature, scienceなどを舞台に行った研究捏造の背景や顛末を当事者へのインタビューも交えて報告したものです。

番組はその後本にまとまったそうです。（論文捏造 ）

この事件については聞いたことはありましたが他分野の出来事だったのであまり詳しく知りませんでした。番組をみてビックリしました。

そもそも誰も追試できないような研究はどこかで破綻するはずですから捏造の露見もあっけなく起こったようです。
日本でも作ってもいない knockout miceを使って論文を書いて某紙に掲載されたというスキャンダルがありましたが規模としては比較にならないくらい大きなものです。

この番組では、研究グループのリーダーも雑誌の編集部もこの問題での責任を明確に否定していました。
取材をうけた日本の研究者は研究グループのリーダーは責任をとって少なくともこの研究分野から身を引いてほしいとまで話していました。

誰も追試しないような研究、また誰にも引用されないような研究は露見しないという意味ではたちが悪いのでしょうが逆に何の影響も世の中に及ぼさないのですから問題としては小さいのでしょうか。科学者の倫理の問題としては等価なのでしょうが実際に問題になることは少ないですし問題になっても扱いは小さいしたいていはハラスメントとか学位の問題とカップルされた問題として現れます。

今日見たtweetがあります。（参照）

あるブログエントリーの紹介です。
すばらしいpublication listと引用回数ですね。こういう人はどんどん出世していくのでしょうか。

しかし論文引用回数って実際にどういう風に研究者の評価につながるんでしょうか。研究費や研究ポストの配分でもこのような観点が考慮されることは実際は少ないと思います。

要するに何百回引用される論文を書いてもぼくには何にもいいことは起こらなかったのです。
ぼくは本当は掲載誌のimpact factorや論文の引用回数で科学者を評価するやりかたには反対です。また産業化への転用可能性を強調する風潮にも反対です。

夏目漱石の「三四郎」で東京に出てきた三四郎が野々宮先生を研究室に訪ねる場面があります。
青空文庫から引用してみます。

野々宮先生は三四郎に

「昼間のうちに、あんな準備をしておいて、夜になって、交通その他の活動が鈍くなるころに、この静かな暗い穴倉で、望遠鏡の中から、あの目玉のようなものをのぞくのです。そうして光線の圧力を試験する。今年の正月ごろからとりかかったが、装置がなかなかめんどうなのでまだ思うような結果が出てきません。夏は比較的こらえやすいが、寒夜になると、たいへんしのぎにくい。外套を着て襟巻をしても冷たくてやりきれない。……」

という説明をするのですが三四郎はいっこうに要領を得ません。結局、

丁寧に礼を述べて穴倉を上がって、人の通る所へ出て見ると世の中はまだかんかんしている。暑いけれども深い息をした。西の方へ傾いた日が斜めに広い坂を照らして、坂の上の両側にある工科の建築のガラス窓が燃えるように輝いている。空は深く澄んで、澄んだなかに、西の果から焼ける火の炎が、薄赤く吹き返してきて、三四郎の頭の上までほてっているように思われた。横に照りつける日を半分背中に受けて、三四郎は左の森の中へはいった。その森も同じ夕日を半分背中に受けている。黒ずんだ青い葉と葉のあいだは染めたように赤い。太い欅の幹で日暮らしが鳴いている。三四郎は池のそばへ来てしゃがんだ

「三四郎」は医学に入ってから読んだのですがこの場面は強烈に覚えていて良く思い出します。こういうことに関わったことのない人には研究室は一種の「穴倉」です。
手術室も一種の「穴倉」なのですがこれに関しては今日はパス。

要するに研究でも「愛」と「信じること」が重要なのだと言いたいのですがこれくらいで止めておきます。

ホント暗くなってきましたね。
朝起きて手術室で麻酔をしてその後研究室で時間を過ごす人生を、でも、もうしばらく研究続けますよ、ぼくは。

いよいよ「合唱」がはじまりました。
( #artsforall live at http://ustre.am/rBPl)関連するエントリー:

• ”ここにいることは私自身の主体的な意志でもあるのだ”
• 実物はまじでカワイイらしいよ
• 家内も1Q84を読んだという話
• Twitter Weekly Updates for 2010-08-22
• “Academeology”:book

来週早々、某研究成果報告書の締め切りやその他いろんな締め切りが迫ってきています。

論文の作業も進めなくてはいけないしかなり精神的だけでなく肉体的にもテンパッています。

夕方から頭痛でボルタレンでなんとかなりましたが明日以降不安要因ですね。頭痛がするとSAHではないかと最近よく思います。

さて昨日家でボーッと本の整理をしていて1981年に380円で買った
知の旅への誘いを読み返すことになりました。

人はなぜ旅に出るのだろう．惰性化された日常生活を変え，いきいきした生を回復するためではないか．とすれば固定化した文化現象を根底的に乗り超える〈知〉の本来的なあり方は，まさに旅の過程そのものである．〈知の旅〉の達人である哲学者と文化人類学者が，世界を駆けめぐり時間をさかのぼって自らの旅のユニークな軌跡を語る．

という宣伝文句がついている古典的な名著だと思います。
大学生のときに引いた線がはいっている本で今読み返すと恥ずかしいのですがすごくヒットされました。
明日以降時間があればぼくがどうヒットされたのか書いてみようと思います。

現在は735円で買えるようです。

いずれにせよ安いです。

今日Natureをめくっていたら 2月に米国のUniversity of Alabama, Huntsville校であった例の事件についての結構長い記事がありました。
これは読んでしまいました。

Universities: Life after death

どうでもいいけど時間ください

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• “1968″

はてな ID what_a_dudeさんのブログエントリー（日本の論文の質の変化について）を偶然読みました。このエントリーは直接には”日本は「質」の低い基礎科学研究論文を「量」産する国でしかないのか：ISIトムソン・ロイターズのデータが示すもの – 大「脳」洋航海記”を受けて書かれたエントリーであり読み進む前提として両エントリーを読むことをおすすめします。引用はぼくが恣意的に行った場合があります。

研究の評価をどう行うかという問題は単純でありません。

国際比較をはじめ大学単位、講座単位、研究室単位、最後は個々人の研究者の評価は簡単ではありません。

研究の評価に定量的な指標を持ち込まれば客観的な評価の助けになるという考えはたぶん正しくそのような目的で様々な指標が導入されています。

impact factorなどはその代表で基本的には個々の論文が他の論文に何回引用されたかに基づいて計算されます。雑誌ごとに数字が出てくるのですがこれとても雑誌間の評価というか競争でしょう。またISIトムソン・ロイターズなどはこれで収益をあげている会社です。

両エントリーともこのような公表された客観的な指標を用いた考察をしていて非常に解りやすい内容になっています。

日本の論文の質の変化について
では

クソみたいな研究者が多いのに、
競争的資金の割合はアメリカの半分程度、というのも
Productivityが低い原因の一つでもある。

１０年に１本も論文を書かない連中が
５０％もいると思うと正直なんだコレって感じですね。

日本は「質」の低い基礎科学研究論文を「量」産する国でしかないのか
では

ここでは純粋に国・地域ごとにPaper（総論文数）・Citation（総被引用数）・Citation/Paper（総被引用数vs.総論文数の比率）とでチェックしてみました。なお、ここで統計に用いられているデータは1999年10月～2010年1月までのものです。

を調べた結果

これはやはり日本の研究は「量」はあっても「質」が低いということを如実に示す統計だろうと思います。それは、総論文数で2位、総被引用数で4位と「量」の面では非常に好成績であるにもかかわらず、「質」を表す総被引用数/総論文数比率で見ると35位にまで落ちる点から見ても明らかです。先日のエントリで明らかになった傾向と合致する結果であるようにも見受けられます。

といった風です。

両者で共通しているのは客観的なデータを議論の前提としていることです。
いくら論文を書いても”論文数”だけでは評価できないまたいくら引用回数の高い論文を書いても”引用回数”だけでは何も評価できないというような理不尽な理屈の前では議論は無効です。
このような国レベルでの評価だけでなく個々人の研究者の評価に客観的な指標を利用すべきだと思います。

またこれは評価を受ける側だけでなく評価をする側にも適用すべきと思います。

基本的な科学研究費補助金の審査たとえば麻酔科学領域の研究申請書の評価は各大学の麻酔科学講座の”教授”が行っています。
教授の業績の質と量があるのかについての情報が開示されているわけではありませんが、全国の麻酔科講座の教授の業績を国際標準で評価することは可能ー 個人レベルで簡単にできます　というか10人分くらい調べてみました ーであり”平均的なProductivityが異常に低い上に出す論文もクソレベルな研究者”には審査を受けたくないと本気で思うような人もいます。そういうひとは審査に関わっていないと思うしかありません。

純粋に定量的な指標を研究者の評価にどんどんと導入してもらいたいと思います。これで文句があるなら頻用回数のあがる論文を書けばいいのです。

ビッグラボの出身で七光りをあびて研究を進めている研究者とそれが無い研究者ではそもそも出発点が異なります。金とポジションありきでキャリアを始めることのできる研究者が現実に存在します。”伯楽”に見いだされた”白眉”ということでまあ大目に見るということもできますがその他は普通の研究者です。

女子カーリングの決勝戦を途中から観ました。スウェーデンのスキップのような小憎らしいおばさんに目黒さんがなったときに日本も強くなっていると思います。頑張れ日本。

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• ”でも私を信じてくれたなら　すべてが本物になる”
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シャーロック・ホームズ最後の解決 (新潮文庫)はおもしろい。

われわれはなぜ死ぬのか ――死の生命科学 (ちくま文庫)もタイトルだけなら引いてしまうような本ですが意外とタメになりました。

昨日の続きです。

池田信夫さんがブログのエントリー（職業免許の「仕分け」を）で

医師や弁護士の所得が高いのは、免許制度で供給を制限していることによる準レントで、彼らの労働生産性は低い。医師の仕事の大部分は定型的な診察業務で、 もっとも偏差値の高い学生が医学部に行くのは社会的な浪費である。

と書いておられますが偏差値の高い学生が医者になって何が悪いのでしょうか

池田さんは、医者が頭も使うが身体も使うとっても面白い商売だということを知らないのです。平均的には臨床は基礎研究より面白いと断言できます。
せっかく苦労して実験をしても数十回しか引用されないような論文にしかならないのなら手術室でバリバリ麻酔をする方がよっぽど面白いと思います。それ以下ならなおさらだ。でも時々自分の論文が数百回も引用されるのを見てやっぱり研究もいいなと思うときもあります。
だから臨床も研究も続けているのです。

そもそも医学部の卒業生のうち最良の人たちは一線の医者として活躍して、次ぐらいが研究をしたりして大学に残っているのです、と思っています。少なくともぼくの体感ではそうだな。

なので前途有望な若者が医者を目指すのは全く正しいし、博士課程で基礎的な理系の教育をうけた人たちが医者に転向するのも別に間違っているわけではありません。
大切なのはそれをサポートする道筋を用意することだと思います。

どうですか麻酔って面白いよ、たぶん。

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• 変なビル

昼間の部は一応お終いです。

録画しておいたNHKの特集番組”「斜陽」への旅〜太宰治と太田静子の真実〜”を昨日見ました。

本を読みながら観ていたのですが見入ってしまいました。

太田治子の執念がつまったドキュメント

再放送の予定はないそうです

これから買い出し、夕食の後、夜の部へ

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• 「カズオ・イシグロをさがして」をみて
• 「奪還」あるいは「粉々になった自我を拾い集める」試みを観て
• MASAMIとASAMI
• 逸翁美術館
• 英語でのdefense

”白眉プロジェクト”が勤め先の大学ではじまるそうです。

5年間給料と研究費をもらって好きなことができるそうです。
新聞報道によると給料（給与を月額４０〜６５万円支給）は、ぼくより多いではないですか！！

若い優秀な人を”白眉”と呼ぶのはよいとしてそれを選ぶ自分たちを”伯楽”と呼ぶのはうぬぼれ過ぎではないでしょうか。

某研究所は自分で辞めたぼくには関係ないことですが。

“最先端研究費：２７００億円の支給対象者再検討　副文科相“

ということなのですが、うかうかしていると来月くらいに某賞に決まっちゃうよ。
もう決まったのだからドンと行ったらどうなのでしょうか？

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• K先生加入
• 皆に博士号を
• Skype
• ホームページ刷新
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PLoSに

Article-level metrics at PLoS – addition of usage data

という記事が。

there is much to be gained from assessing research articles on their own merits rather than on the basis of the journal (and its impact factor) where the work happens to be published. Until recently, however, readers have simply not had suitable tools to give them any indication of the quality (or ‘impact’) of an individual article. With the advent of online publishing and a burgeoning array of third parties providing information on scholarly articles, it has finally become feasible to provide meaningful article-level metrics and indicators for readers.

とありますが当然ですね。

今でもここの論文がどんな雑誌に引用されたかとかは詳細に調べることができます。本来論文はこういう観点から評価された方がいいわけです。

それをしないのは引用もされない論文を書いている人の不都合からでしょうー多分。

BMJから

More than 20% of articles have a “guest” author, study shows

Published 15 September 2009, doi:10.1136/bmj.b3783
Cite this as: BMJ 2009;339:b3783

ということでguest authorとghost writerは明確に違うのですね。

確かにタダでghost writerになってくれるような気のいい人はいない訳で、それで

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• runa123がついにiPhoneゲット!!
• “1968″読了
• “Japan Comes of Age”

New York Timesから

Ghostwriting Is Called Rife in Medical Journals

Lasker賞は Gleevecのチームも受賞なのですね。iPS cellもすごいけど。

個人的には epigeneticsでノーベル賞がそろそろ出ていいと思っています。iPSは今年でなくとも確実は確実だろうし …

「1968」読了しました。

冒頭の一文「感動しました。とてもすばらしいです。でも私には何もないの。それでは闘ってはいけないのでしょうか？」からはじまってこの文章で終わる 2000ページ超の大著ですーといっても上・下それぞれ100ページほどは”注”と索引になっていますー

第5章　慶大闘争

第14章　1970年のパラダイム転換

第15章　ベ平連

これらでは知らないことも多く参考になりました。

ベ平連の中心に小田実でなく石原慎太郎をという意見もあったというのは悪い冗談の様な気もしましたが当時はそういう作家だったのでしょう。

ぼくがあと一廻り早く生まれていたら、検証された「1968年」に間違いなくどっぷりと関わっていただろうと思うと同時に一廻り早かったら大学に進むことともなく今とはまったく違う人生を歩んだことになっていた可能性もあったと思っているので改めて考えさせられました。

結局遅れてきたぼくの「1968年」は何かと考えると「研究」が当たるのではないかと考えた。

特に深く考えることもなく医学部に入学してそのまま卒業して医者になったのだが入学してから人生で一度は「研究」というものを体験してみたいと考えていた。「真理」の探求とか研究を通じての人類への奉仕とかそういたことはあることはあったと思うがそれより人生で一回は研究生活をしてみたいという気持ちの方が強かったと思う。ー高校生の時にPOMCのプロセッシングの大きな仕事で沼先生と中西先生が「科学朝日」（朝日新聞が出していた一般向けの科学総合誌です）で取り上げられているのを見て京都大学への進学を決めたのですー

つまり「感動しました。とてもすばらしいです。でも私には何もないの。それでは闘ってはいけないのでしょうか？」である。

そういう理由だったので医師免許を取得して丸4年臨床に専念し、その当時の水準でいえば一通りの手術麻酔は自分ですることができるという自信もついたところで大学院に進学した。

いろんな経緯があって、麻酔科内の研究室でなく京大のウイルス研究所の研究室にお世話になることになった。このときの経緯は以前に書いたことがあったと思う。

またこれも以前に書いたのだが、4年間は一つの論文もなくほぼ啼かず飛ばずのどうしようも無い大学院生だった。不思議とそれに対しては特に焦りもなく毎日実験に励んでいた。自分のやっていることが価値があるとか無いとか役に立つとか立たないとかを考えた事も無かった。将来への展望とかそういったものは全く持っていなかった。臨床医だったので路頭に迷うことはないだろうとは考えていたということもある。この時期は研究というより実験することそれ自体が態度の表明であり、意味をもつ運動であった-一種の中毒である-。

そうこうしているうちに4年が過ぎ結局は京大の麻酔科で働くことになったー引き取られて行ったというのが正しい表現かもしれないー。学位の為の研究は完成はしていなかったので実験材料とともにウイルス研から引っ越した。

そこから3年3ヶ月はたぶん人生で一番働いた時期だった。集中治療室で働く、麻酔をする加えて救急車の対応もしていた。CPA, 農薬中毒、全身熱傷、腹腔内出血などかなりの患者が救急車で運ばれてきた。ホットラインへ連絡があり、4階から１階の救急外来に降りて救急車を迎えるときのあの感じは今でも鮮明に記憶している。救急車の進入口が研究室の真下なのですが救急車が到着すれば救急外来に出かけたりということもあった。のぞき込むと胸部圧迫をしてる姿が見えるので放っておくわけには行かなくなるのだ。

当直は集中治療室でしていたので当直中は部屋の外にでるのは救急外来か病棟で患者を診るときだけで研究室には戻れなかった。これに加えて研究活動も継続していた。

程なく学位を取るための論文が完成したーこの論文はぼくの関わった論文のうちの最高のものだと自分では今でも考えているー。麻酔科での指導者はいなかったので学位の講演会の予行演習などもなしで自分だけで臨んだ。

ここで転機が訪れ米国に留学ということになった。留学にははじめは気が進まなかったのだがこれまたいろんな経緯を経て結局は GLSの研究室に参加することになった。

留学の一番大きな目的は、臨床のdutyーdutyだけでなく臨床が完全にないーがない環境下に自分がおかれた場合どれほどの事が研究でできるか見極めたいということに決めた。

留学中は、FIH-1もとれたし,某遺伝病の解析にも参加できたしまあまあの成果が上がったと思った。

研究だけに専念すればこのくらいにはできるのだという妙な自信もついたー後にこれが仇になるー

今から思えばもっとやっておくべき事はたくさんあったのだそうがんばる必要もなかろうと日和っていた訳である。

帰国時に、某研究所に就職したのが「1968年」的な観点からは失敗だったかもしれない。

そもそもの始まりは研究成果が生物学・医学の発展に役立つというよりは研究自体は自己確認の手段だったのであるが、研究所で研究をすることを生業とするという気負いで先鋭化していったのだと思う。

せめてもの救いは、ぼくの研究室に参加してくれた学生が数名いてくれて彼らとの人間的な交流があったことだろう。研究所を辞して、研究所付きの病院に異動して救われたと思った。今から考えればこの病院でのスタイルがぼくには一番あっていたのかもしれない。この期間の研究成果にはいまでもとても満足している。

しばらくして大学に異動してからはぼくの余裕がなくなり大学院の学生にも大変な迷惑をかけてる。大きな意味での研究活動は、基本的には自分のために行っていた「1968年」的性格を完全に失った。

研究にもいろんなものがあり最近では”役立つ”研究が重視される傾向にある。役立ちそうでかつ基礎的にも価値のある研究もたくさん存在して iPS cell研究などその好例であろう。

はじめに手がけた thioredoxinに関してもまた 10年ほど前から手がけている HIF-1にしてもまだ解かれていない基本的な問題が散在している。研究の進展とともに新たに生まれた問題でなく10数年前から解かれていない問題もたくさんあるのだ。これらを解くことで「1968年」問題に決着をつけて残りの人生を送りたいなという気持ちは強い、のですが難しいかもね。

時間があったので休みに「鶴見俊輔～戦後日本 人民の記憶～」の録画してあるのを見直しました。

ついでにこれも観た。

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一つも追加実験していないのに結構時間がかかったな。まあどうでもいいですけど。

The intravenous anesthetic propofol inhibits lipopolysaccharide-induced hypoxia-inducible factor 1 activation and suppresses the glucose metabolism in macrophages

Journal of Anesthesia

単純ですが結構味わい深い報告だと思います。

The intravenous anesthetic propofol inhibits lipopolysaccharide-induced hypoxia-inducible factor 1 activation and suppresses the glucose metabolism in macrophages

Journal of Anesthesia

Abstract

Purpose. Hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) is a master transcription factor of hypoxia-induced gene expression. Anesthetics and perioperative drugs have been reported to affect HIF-1 activity. However, the effect of propofol on HIF-1 activity is not well documented. In this study, we investigated the effect of propofol on HIF-1 activation using the macrophage-differentiated THP-1 cells.

Methods. Cells were exposed to lipopolysaccharide (LPS) under 20% or 1% O₂ conditions with or without propofol treatment. The cell lysate were subjected to Western blot analysis using anti-HIF-1α and HIF-1β antibodies. HIF-1-dependent gene expression was investigated by quantitative real time reverse-transcriptase PCR analysis and luciferase assay. The amount of cellular lactate and ATP were assayed.

Results. Propofol suppressed HIF-1α protein accumulation induced by LPS but not by hypoxia in the THP-1 cells in a dose-dependent manner by inhibiting the neo-synthesis of HIF-1α protein. Induction of the HIF-1 downstream gene expression including glucose transporter 1, enolase 1, lactate dehydrogenase A, pyruvate dehydrogenase kinase-1 and vascular endothelial growth factor was inhibited by propofol. Propofol suppressed LPS-induced lactate accumulation and ATP content in THP-1 cells.

Conclusion. Our experimental results indicate that propofol inhibits HIF-1 activation and downstream genes expression induced by LPS and suppressed HIF-1-dependent glucose metabolic reprogramming. HIF-1 suppression by propofol in macrophage may explain molecular mechanisms behind the inhibitory effect of propofol on cellular inflammatory responses.

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こんなのあるのですね。

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今週家に帰ってびっくりしました。

家内が1Q84を読んだというのです。青豆編だけ読んで興味が出たので天吾編も読破したということです。-家内は文盲だと思っていました　いろいろと聞いてくるので迷惑です-。

一気に200万部（100万セット）出るということはこういうことなのですね。

社会現象として、先週火曜日のNHKの番組で1Q84現象が取り上げられていました。

栗山　千明と青木　崇高の朗読付きだ。-映画になるとしたら青豆は栗山千明か小西真奈美だと思う-

New Yorkerのeiditorの意見がもっとも的確に的を射ていると思った。

村上春樹の小説には世の中や物事に対する彼なりの”見方”が登場人物を通して語られそれの読者を説得してしまうという不思議な力がある。

1Q84でもしかり。学生運動からカルト集団の成立にいたる背景の説明などそれ自体非常に優れたものだ。

また例えば二つの月の話についての小松の意見

ほとんどの読者がこれまでに目にしたことのないものごとを、小説の中に持ち込むときは、なるたけ細かい的確な描写が必要になる。

研究でも通用する話だ。

また天吾が数学と物語の世界を行き来する自分について語る場面（book1, p318)。

物語の役目は、おおまかな言い方をすれば、一つの問題をべつのかたちに置き換えることである。そしてその移動の質や方向性によって，解答のあり方が物語的に示唆される。天吾はその示唆を手に、現実の世界に戻ってくる。それは理解できな呪文が書かれた紙切れのようなものだ。時として整合性を欠いており、すぐに実際的な役には立たない。しかしそれは可能性を含んでいる。いつか自分はその呪文を解くことができるかもしれない。そんな可能性が彼の心を、奥の方からじんわりとあたためてくれる。

基礎研究と臨床の関係もこのようにとらえることができればよいと思う。

それと同時に普通の人間，つまり「かえるくん、東京を救う」の片桐さんのような人、が大きさはともかくある力に対峙していくという筋がある。読者にこれまた不思議な勇気を与えてくれる。力はリトルピープルに代表されたりする場合もあるしねじまき鳥の場合にはもっと漠然としてる強い邪悪なものであるときもあるしそうでない場合ものだが。

例えばbook2のp490あたり天吾の父親の世話をする看護師のセリフ

看護婦になる教育をうけているときにひとつ教わったことがあります。明るい言葉は人の鼓膜を明るく震わせるということです。明るい言葉には明るい振動があります。その内容が相手に理解されていいてもされていなくとも，鼓膜が物理的に明るく震えることにかわりはありません。だから私たちは患者さんに聞こえても聞こえなくても、とにかく大きな声で明るいことを話しかけなさいと教わります。理屈はどうであれ，それはきっと役に立つことだからです。経験的にもそう思います

このような看護師が多分世の中にはいて医療現場が支えられているのだと思います。

って感じ。

しかし1Q84の翻訳はどういうタイトルになるのでしょうか。

Qが9なのは日本語だけだと思う

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昨日歩いていたら変なビル発見　いままで気付きませんでした

W松先生の論文がネットで読めるようになっています。
ここから
まだ校正済んでいません
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High proportion of trials published in Chinese medical journals are flawed, study shows

BMJ 2009;339:b2729

むごい話2

Brain imaging skewed

Nearly half of the neuroimaging studies published in prestige journals in 2008 contain unintentionally biased data that could distort their scientific conclusions,

ってひどいと思います。本当なら。

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千葉で降りたのは初めてでした。

ちょっとしたカルチャーショックでした。

加速度装置もありものすごい規模の研究施設でした。

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主人公が農薬を浴びて”進化”して町子先生とちょっとうまく行くと調子に乗ってさらに町子先生の気を引こうと農薬を浴び続ける主人公が出てきます。農薬で人も”進化”するのです。

”進化”といえば、抗生物質のみで細菌感染をコントロールできないように抗がん剤でガンを完全にコントロールすることはできない。細菌もがんも”進化”してしまいますから、と言う話があります（参照）。

紹介されている論文を読んでみました。

Adaptive Therapy

Cancer Research 69, 4894, June 1, 2009. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-08-3658

A change of strategy in the war on cancer

Nature 459, 508-509 (28 May 2009) | doi:10.1038/459508a

とはいえ人は決定的な”魔法の弾丸”を追い求めていくのだと思います。

とりあえず今週OS 3.0にはしてみます。

6月26日(iPhone発売日)　千葉市の某研究所で話します。

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今年はGregg L. Semenza氏も参加です。

がんとハイポキシア研究会のページ

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その偶然の邂逅があることを信じてただひたすら待ち続けている。

だからいつも注意怠りなく街を歩いている。

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• ”ここにいることは私自身の主体的な意志でもあるのだ”

Cancer Research 69, 4918, June 1, 2009. Published Online First May 19, 2009;

doi: 10.1158/0008-5472.CAN-08-4806

こんな実験が自由にできたらいろんなことがわかるな。

Left Atrial Appendage Occlusion — Closure or Just the Beginning?

これ知りませんでした。すごいな。

W先生の原稿はなおし終わりました。明日送り返します。

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