New York Timesを読んでいたら面白い記事というかエッセイを見つけました。
アメリカの元財務長官でハーバード大学の学長もしたサマーズ氏の”What You (Really) Need to Know“というタイトルです。
時代が変わっているのだから教育システムも変わる必要があるということを主張した文章です。
このエッセーを巡って紙上debate(“English Is Global, So Why Learn Arabic?“)も開催されています。

主張が箇条書きにされているのですが少し引用してみます。(ぼくが一部を太字にしました）

1. Education will be more about how to process and use information and less about imparting it. This is a consequence of both the proliferation of knowledge — and how much of it any student can truly absorb — and changes in technology.
2. An inevitable consequence of the knowledge explosion is that tasks will be carried out with far more collaboration. As just one example, the fraction of economics papers that are co-authored has more than doubled in the 30 years that I have been an economist.
3. New technologies will profoundly alter the way knowledge is conveyed. Electronic readers allow textbooks to be constantly revised, and to incorporate audio and visual effects.
4. As articulated by the Nobel Prize-winner Daniel Kahneman in “Thinking, Fast and Slow,” we understand the processes of human thought much better than we once did. We are not rational calculating machines but collections of modules, each programmed to be adroit at a particular set of tasks.
5. The world is much more open, and events abroad affect the lives of Americans more than ever before. This makes it essential that the educational experience breed cosmopolitanism — that students have international experiences, and classes in the social sciences draw on examples from around the world.
6. Courses of study will place much more emphasis on the analysis of data. Gen. George Marshall famously told a Princeton commencement audience that it was impossible to think seriously about the future of postwar Europe without giving close attention to Thucydides on the Peloponnesian War.

まあこれってよく言われることですよね。ちきりん氏の「自分のアタマで考えよう
」でも同じような主張はされています。でもサマーズ氏がこのようにまとめると権威あります。

このエッセーでサマーズ氏は

English’s emergence as the global language, along with the rapid progress in machine translation and the fragmentation of languages spoken around the world, make it less clear that the substantial investment necessary to speak a foreign tongue is universally worthwhile. While there is no gainsaying the insights that come from mastering a language, it will over time become less essential in doing business in Asia, treating patients in Africa or helping resolve conflicts in the Middle East.

と述べているのですがこの部分について紙上debateが行われています。

たぶん近い将来にに日本語をしゃべったり書いたりするそばから英語やフランス語に翻訳されていくシステムができると思います。
留学をしない，しなくてもよい理由をいくら並べてみても栓がありません。当たり前ですが英会話がうまくなるために留学するわけではありません。より広い視野を獲得するために留学するのですから。

Nature Cell Biologyに
The LIMD1 protein bridges an association between the prolyl hydroxylases and VHL to repress HIF-1 activity
Nature Cell Biology (2012) doi:10.1038/ncb2424
という論文が出ていました。これは面白いです。しかしこの論文はぼくらの2001年の論文の解析の途中でもある程度予想されていたような事象だと思います(参照-Web of Scienceの統計では507回引用されたようです。）。

今年も「キアドラ」が届きました。

医学界新聞を読んでいたら”Experimental Design for Biologists“の邦訳「バイオ研究のための実験デザイン -あなたの実験を成功に導くために」が出ているのを知りました。日本語は読んでいませんがよい本だと思います。

関連するエントリー:

• E.R. confusion
• 「基礎医学の教授に医師がいなくなってもいい」と思います
• SCImago Journal Rank
• 麻酔法なども特許になるのか？-ならない？
• あと一廻り早く生まれていたら…

この論文では結構重要な事を主張しているとぼくらは思っているのですが解らない人には解らないようです。

PLoS ONEですから一旦出版されれば無料で読むことができます。

General anesthetics inhibit erythropoietin induction under hypoxic conditions in the mouse brain

Background: Erythropoietin (EPO), originally identified as a hematopoietic growth factor produced in the kidney and fetal liver, is also endogenously expressed in the central nervous system (CNS). EPO in the CNS, mainly produced in astrocytes, is induced under hypoxic conditions in a hypoxia-inducible factor (HIF)-dependent manner and plays a dominant role in neuroprotection and neurogenesis. We investigated the effect of general anesthetics on EPO expression in the mouse brain and primary cultured astrocytes.

Methodology/Principal findings: BALB/c mice were exposed to 10% oxygen with isoflurane at various concentrations (0.10-1.0%). Expression of EPO mRNA in the brain was studied, and the effects of sevoflurane, halothane, nitrous oxide, pentobarbital, ketamine, and propofol were investigated. In addition, expression of HIF- 2α protein was studied by immunoblotting. Hypoxia-induced EPO mRNA expression in the brain was significantly suppressed by isoflurane in a concentration-dependent manner. A similar effect was confirmed for all other general anesthetics. Hypoxia- inducible expression of HIF-2α protein was also significantly suppressed with isoflurane. In the experiments using primary cultured astrocytes, isoflurane, pentobarbital, and ketamine suppressed hypoxia-inducible expression of HIF-2α protein and EPO mRNA.

Conclusions/Significance: Taken together, our results indicate that general anesthetics suppress activation of HIF-2 and inhibit hypoxia-induced EPO upregulation in the mouse brain through a direct effect on astrocytes.

このシリーズはこれに続いて最低二報出すつもりです。

少し前に”Antioxidants & Redox Signaling”に甲斐先生の論文が出たのですが紹介していませんでした。

Hydrogen Sulfide inhibits hypoxia- but not Anoxia-induced hypoxia-inducible factor 1 activation in a von Hippel-Lindau- and mitochondria-dependent manner

Antioxidants & Redox Signaling

Abstract

Aims: In addition to nitric oxide and carbon monoxide, hydrogen sulfide (H(2)S) is an endogenously synthesized gaseous molecule that acts as an important signaling molecule in the living body. Transcription factor hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) is known to respond to intracellular reduced oxygen (O(2)) availability, which is regulated by an elaborate balance between O(2) supply and demand. However, the effect of H(2)S on HIF-1 activity under hypoxic conditions is largely unknown in mammalian cells. In this study, we tried to elucidate the effect of H(2)S on hypoxia-induced HIF-1 activation adopting cultured cells and mice.
Results: The H(2)S donors sodium hydrosulfide and sodium sulfide in pharmacological concentrations reversibly reduced cellular O(2) consumption and inhibited hypoxia- but not anoxia-induced HIF-1α protein accumulation and expression of genes downstream of HIF-1 in established cell lines. H(2)S did not affect HIF-1 activation induced by the HIF-α hydroxylases inhibitors desferrioxamine or CoCl(2). Experimental evidence adopting von Hippel-Lindau (VHL)- or mitochondria-deficient cells indicated that H(2)S did not affect neosynthesis of HIF-1α protein but destabilized HIF-1α in a VHL- and mitochondria-dependent manner. We also demonstrate that exogenously administered H(2)S inhibited HIF-1-dependent gene expression in mice.

Innovations: For the first time, we show that H(2)S modulates intracellular O(2) homeostasis and regulates activation of HIF-1 and the subsequent gene expression induced by hypoxia by using an in vitro system with established cell lines and an in vivo system in mice. Conclusions: We demonstrate that H(2)S inhibits hypoxia-induced HIF-1 activation in a VHL- and mitochondria-dependent manner.

硫化水素の低酸素応答への影響を調べました。島根医大の竹永先生から供与していただいた細胞が大活躍でした。
関連するエントリー:

• 論文通りました
• 論文がアクセプトされました
• 論文が通りました
• 論文が出ました
• 正式にaccept

体力の限界というわけではなくただ単にぼくに余裕がなかったのです（参照）。
職場に二組の先生方の見学があったりその他いろいろあって思うこともたくさんあったのですが，エントリーを書く精神的な余裕が全然ありませんでした。

その間に”9/11”も過ぎてしまいました。

New York Timesのこの特集が詳しくて興味を引かれました。

10年前の9/11はぼくら家族は米国メリーランド州ボルチモア市に滞在していました。

あの日はすごく天気がよかったのを覚えています。いつも通り朝6時頃研究室に出てWesternのゲルを固めて蛋白質の泳動を始めた頃World Trade Centerに飛行機が突っ込んだというニュースを研究室のポスドクのDom君から聞きました。
事故だと思っていたのですが，二機目も突っ込んだということでこれは事故ではなくテロだと言うことになりました。10年前にはTwitterもなくぼくらの研究室のネット事情はお寒いもので何が何だかよく解りませんでした。3機目がペンタゴンに墜ちたというニュースのあと，４機目がドーム（Johns Hopkins Univ. Hospitalのシンボル的な建物でぼくのベンチの真下に見えていた）に墜ちるのではとか皆と話していたところ4機目はペンシルベニアの平原に墜ちたというニュースが伝わってきました。

帰宅しろとかそういった指示があったわけでないのですが結局皆午後の早いうちに帰宅して研究室はガラガラになりました。ぼくは実験の残りがあったので片をつけてそれでも午後3時には研究室をでました。I83がガラガラだったのを覚えています。
その意味では時差の関係で夜の時間にすべてをTVで観ていた日本の人たちの方がリアルタイムでいろんな情報を得ていたのかもしれません。

10年目と言うことで日本でもNHKを中心にいくつもの番組が放送されそのうちのいくつかを観ました。

NHKで先週の土曜日Steve Reich氏の新作”WTC 9/11″のworld premiereの様子が丸ごと放送されたのを観ました。
NHKはすばらしいですね。こんなの民放では絶対に放送してくれませんよ。
しかも本人とKronos Quartetのメンバーのインタビュー付きです。インタビューでも何でもまずあの日のあの時間自分はどこにいて何をしていたのかを皆が語ってからいろんな発言をし始めるのが印象的でした。

再放送はあるのかないのかは知りません。

”WTC 9/11″はここから試聴できます。

JCIに京大の柳田さんの部屋からの論文

Dysfunction of fibroblasts of extrarenal origin underlies renal fibrosis and renal anemia in mice

J Clin Invest. doi:10.1172/JCI57301

が出ていました。すごいですね。
いろいろと openなquestionsも惹起する大変大きな仕事だと思います。実際にいろいろ聞いてみたいこともあります。
さすが「白眉」です。

ここ二週間くらいはある総説にかかっていたのです。〆切のある原稿を英語で書くのはしんどいです。でもようやくほぼ完成です。referenceを割り振って，figure legendsを書けばお終い。これでも〆切には間に合っていません。情けないです。

こういった方法を使うのも手なのでしょうか。でもなんか釈然とはしませんね。

最後にこれにはびっくりです。私大に移ると幸せになりそうな予感。関連するエントリー:

• ハイポキシア生物学の2011年を振り返って
• こりゃすごい
• いま、高原がロマンティック
• Chuvash祭り
• ハイポキシア生物学からHIF生物学へ

雑誌「文藝」で綿矢りささんの特集をしていてそれを読んでいたのです。デビュー10周年と言うことでした。

今年も新潮文庫の100冊やっていますね。

今年のラインアップではさっき数えたら8割5分は既読でした。それでも例のパンダのキーホルダーが欲しくて二冊買って見ました。

さよなら渓谷 (新潮文庫)と

狐笛のかなた (新潮文庫)です。

二冊とも予想以上に面白かったです。

特に「さよなら渓谷」は素晴らしい小説ですね。解説も触れられていましたが、映画ミスティック・リバー – Wikipedia
を彷彿させます。少しくどかった「悪人」よりこちらのほうが名作だとぼくは思います。

新潮文庫の100冊はかつてCD-ROM版で出ていたことがあります。米国滞在中に暇だったので読破しました。「孤高の人」もそこに収録されていたはずです。

そこには「世界の終わりとハードボイルド・ワンダーランド」が入っていったのですが2011年のラインナップでは「海辺のカフカ」に替わっています。「こころ」だって5回以上は読み返したと思います。

今年の100冊を全て買っても6万円くらいだそうです。全部読んだら気づかずにいた名作に出会ってその後の人生とは言わないけど少なくとも読書人生は変わると思います。たとえあなたが30歳を超えていたとしても。

新刊書を漁るのだけでなく「名作」をsimplyに片っ端から読んで見たらどうでしょうか。

どの論文を読むべきか質問されます。

PubMedで適当に調べてその分野、分子、現象についての論文をまず積んだ高さで50cm分読んだらどうでしょうか。あえてスクリーニングをしない。それで基礎知識は得られます。

特に特定の誰かの総説を手っ取り早く読んでわかってしまうのは長い目で見たら本当は有害だと思います。総説と言うのはあれは書いている人が自分の頭の整理をするためにあるんですよ。

臨床修練でも教科書、論文をまず自分の背の高さくらいの分量を読んで見たらどうでしょうか。話はそれからですよ。
妙なハンドブックを一冊買っただけで済むはずが無いのです。
麻酔でもまず手術中患者のそばを離れず種々の進行に眼を配りながらメリハリをつけて緊張感を持続できてなんぼの世界です。何もできない癖にふらふらしていたのではどうしようも無いぜ。
学会などで誰かの講演を聞いてわかったようになるのも長い目で見ると有害だとぼくは思っています。

Posted from my iPad関連するエントリー:

• 今週の一押し:2008-#34: “Bad science”
• Twitter Weekly Updates for 2010-11-07
• irrelevant things
• 今週の一押し:2008-#32:”Illustratorのやさしい使い方から論文・学会発表まで”
• 悪いことはできません

不死細胞ヒーラ　　ヘンリエッタ・ラックスの永遠なる人生

生物学の研究において独創性とはどのように定義されるかというのはすごく昔から議論されてきた問題です。
生命科学まで間口を拡げればiPS cellの研究などは発明だし，創薬などについては独創という概念は比較的に適応しやすいと思いますが基礎的な生物学は生物が生物たる構造や機能の解明が目的である以上，また生物はそこにあり生きている以上，その仕組みを人間が”創造”するということはあり得ないとぼくは考えています。蛋白質や遺伝子のクローニングなどもその最たる例でしょう。対象となった蛋白質，遺伝子は研究者が見つける以前に存在しています。研究者はそれを「発見」しただけです。
発見法に新奇性はあったとしても蛋白質，遺伝子自体を「創造」したわけではありません。
そういう状況の中でまったくのconventionalな手法である性質を持つ蛋白質を同定して解析するという手法は健在です。
MCM Proteins Are Negative Regulators of Hypoxia-Inducible Factor 1

Molecular Cell, Volume 42, Issue 5, 700-712, 10 June 2011

GLS研ではこの手法で過去にいくつもの論文を報告しています。質量分析計を利用するようになりプロセスが高速化しているだけです。
そもそもHIF-1自体も考えられるもっとも正攻法を用いて単離された転写因子です。彼の方法論の根底にこれらを可能にする何かあるのだと思います。二年半彼といてかなり解ったと思ったのですがまだまだです。
同じ号のMolecular Cellに
A HIF-1 Target, ATIA, Protects Cells from Apoptosis by Modulating the Mitochondrial Thioredoxin, TRX2

Molecular Cell, Volume 42, Issue 5, 597-609, 10 June 2011

も掲載されていました。これはなかり興味深い論文です。
TRXとHIFっていろんな経路で深いつながりを持っています。その一端ですですね。
そうそう「細胞を創る」というような研究も最近あります。

平野啓一郎さんの小説「決壊」が文庫本になったようです。
以前に紹介したことがあります（参照）。

決壊〈上〉 (新潮文庫)

決壊〈下〉 (新潮文庫)

上・下合わせて1360円。タダみたいな値段ですね。

月曜日に投稿していた院生のKさんの論文の審査結果が帰ってきました。
初回は6人のreviewerにいろんな事を言われたのですが今回は3人まで減ってコメントもほとんど些末な事項になっていました。でも，一つだけ言っていることがよく理解できないコメントがありここ二日づっと悩んでいました。共著者のH田さんにアドバイスを求めたところナイスな指摘をしていただき疑問氷解です。よく考えたら初めの時のコメントもこのことを主に問題にしていたんですよ，reviewer1は。
というわけで追加実験無しでrevisionを終える決心がつきましたしこれで落とされることもないと確信しました。
久々ですねこんなにスカッーとしたのは。

ホントこうなると他人の論文を暢気に査読している場合ではありません。とっと問題点を挙げて残り一つをかたづけてしまおう。査読は一種の義務とはいえいくらやっても誰もほめてくれませんしね。自分たちの論文にはいろんな意味で人生がかかっているんだよ。

村上春樹の”What I Talk About When I Talk About Running”から

Pain is inevitable. Suffering is optional. Say you’re running and you start to think, Man this hurts, I can’t take it anymore. The hurt part is an unavoidable reality, but whether or not you can stand any more is up to the runner himself. This pretty much sums up the most important aspect of marathon running.

ほんと良いこと言いますよね。文学者の責任とかいって妙な政治的な発言などしなくて良いのに。
ぼく，中学生の時は陸上部でタダひたすら走らされていました。しんどいときに唱える言葉というか歌というか思い出すある情景がありました。研究でも臨床でも”しんどい”時に唱える「マントラ」って誰にでもあるのです。

関連するエントリー:

• 常識に挑戦している訳ではありません
• 2010年のベスト〜映画〜
• 論文通りました
• 紙の本の”1Q84”
• thioredoxin-binding protein-2 (TBP-2) 秘録

以前に文献管理アプリケーションMendeleyとPapersについてのエントリーを書きました。（参照）
きっかけがあったので補足してみようと思います。

そもそもぼくはPapersを使い出すまでは文献の整理をMacを使ってしたことがありませんでした。
他の研究者の研究室を訪ねると論文をきちんと整理している様子にビックリすることはあっても自分ではしませんでした。ぼくには出来ないのです。論文をきちんとテーマごとに fileして本棚に並べると言うことが。
そもそも非常に研究室が狭くそのようなことをするスペースもあまりありませんでしたし。

ぼくの以前のやり方は以下の通りです。
雑誌は10誌くらいは毎号目次をwatchingしています。その他Pubmedで文献検索して重要と思うものは印刷して読みます。特に重要だと思うものは専用の場所に放り込んだり積んだりしておきます。思い出したときその束を見直してさらにスクリーニングして数を減らします。
これを繰り返すだけでした。

そもそも論文を読んでも自分の頭の中に残っていないとそれを活用できないのです。
何年も前の論文でも頭の中にちゃんと残っていればいろんなキーワードでネット検索でその論文にたどりつくことは可能です。基本的な論文は100個くらいは頭に入っています。

しかし歳をとってきてやっぱり道具立てがないとどうしても無理だと気づき試行錯誤の末にPapersを導入しました。
こういうアプリケーションを使う時に重要なのはtagです。
とにかくtagを丁寧につけていくということが重要です。
Papersはpdf fileを放り込んだあと論文の情報を例えばPubMedから取得できると”Notes”というメニューの下部に論文のkeywordsがtagとして取り込まれた状態になります。またPapersは直接PubMedなどのデータベースを検索する機能が内蔵されていますのでこれで文献検索を行います。取り込んだ文献には自分でtagを追加していきます。重要度，さらなる精読の必要度，自分の分類ー例えば　「麻酔」「日帰り」「低酸素」などなどをわざと日本語で書きますーを追加して行くわけです。コメントもさらにNotesに書くことが出来ますがこれまでやっている時間はありません。
これをしっかりやっておくと自分の記憶力の衰えをカバーしてくれる，結構使えるデータベースになります。このためにはPapersは実に快適なアプリケーションです。
この作業には結構な時間を使っているかもしれません。
火曜日と金曜日に行います。時間が取れないと論文が溜まっていきます。これは困りますがまあ仕方ありません。結局最期は自分の頭頼みかもしれません。

Mendeleyでも同様のことは出来ると思いますがPapersのinterfaceのデザインが好きなのです。
今度大きなバージョンアップでPapers2となるようです。楽しみです。でも多分その機能のすべては使いこなせないと思います。
これらに比べるとぼくの仕事のスキームではEndnoteはそう重要な位置を占めているわけではありません。あくまで最期に文献を論文につけて雑誌のフォーマットで出力するだけの道具です。解説本などを読むまでもありません。

この記事を読んでひっくり返りそうになりました。
ぼくは試験監督を10回くらいしたことがありますが，居眠りをしたり，試験の採点をしていた教官，教員を見たことがありません。
いつの時代のどこの大学の事なのでしょうか。
また試験監督は純然たる雑用です。あれが本務のわけないだろう。雑用だから雑にやるというのないだけです。
試験監督をするとげっそりします。ホント神経使うわけです。

というわけで今日はこれで撤収。明日術後インタビューのあとtaroの論文に取り組みます。resultsを完成させdiscussionの骨組みまで進みたいです。関連するエントリー:

• 評判のMendeleyをinstallして使ってみた
• ぼくは自分探し大賛成です-地震-Papers2
• 研究室のエアコンから水漏れ，または日本のシステムに埋め込まれた無責任の体系
• 淀井先生の”The discovery of ATL: an odyssey in restrospect”を読んで
• 学会の抄録集にひそむお宝

がんとハイポキシア研究会は今週末（土曜日・日曜日）に開催されます。

glioblastoma関連で二つ。

Hexokinase 2 is a key mediator of aerobic glycolysis and promotes tumor growth in human glioblastoma multiforme

JEM doi: 10.1084/jem.20101470

Transdifferentiation of glioblastoma cells into vascular endothelial cells

PNAS doi: 10.1073/pnas.1016030108

これビックリしますよね。

追加で一つ。

Regulation of transcription of hypoxia-inducible factor-1α (HIF-1α) by heat shock factors HSF2 and HSF4

Oncogene advance online publication 24 January 2011; doi: 10.1038/onc.2010.623

試してみたい。

最近、あっちこっちで謝ったり呼び出し喰らったりしています。何とかこういう状況から脱したいと心から思っています。

こんなtweetがありました。
論文ってダメなときはダメなんですね。ぼくらの論文がだめ出しされてもへこたれてはいけないんです、目的を達成するまでは。

ところでこれってどうだったんでしょうか？

関連するエントリー:

• ＮＨＫ太宰治 短編小説集」が iPadアプリになった
• 正式にaccept
• 第9回がんとハイポキシア研究会 雑感
• Ominiplus Ultraってすごいの？
• 春暁値千金

NHKで放送された太宰テレビ「ＮＨＫ太宰治 短編小説集」が iPadアプリになりました。

録画もしてあるのですが早速450円で買いました。10編で450円です。タダみたいなもんですよ。

これは本当にすばらしい番組です。

ベストを決めるのはむずかしい。

「カチカチ山」もいい、「走れメロス」も捨てがたいし、「畜犬談」にも度肝を抜かれた。でもやっぱり「駆け込み訴え」を推しておきます。

学位の講演会の季節です。

麻酔科でも一人講演会に臨んだ先生がいました。ぼくも「専門委員」という何やら意味の不明な役目で参加しました。

うちの大学の先生方も本気を出されると収拾がつかなくなることがしばしばあるのですが何とか時間内にはすべて滞りなく終了で無事今日の試問には合格という結果でした。どう考えてもそうくるだろうという質問がほとんどでしたしね。
おめでとうございます。

しかし麻酔科学特有な概念というのは実は時代遅れで誰でも解る言葉ですべて書き換えないといけないのではないかとも思いました。

JIから

IFN-γ Attenuates Hypoxia-Inducible Factor (HIF) Activity in Intestinal Epithelial Cells through Transcriptional Repression of HIF-1β

J Immunol 1001442; published ahead of print January 3, 2011, doi:10.4049/jimmunol.1001442

これはかなり面白いと思う。

Macrophage Migration Inhibitory Factor Counterregulates Dexamethasone-Mediated Suppression of Hypoxia-Inducible Factor-1α Function and Differentially Influences Human CD4+ T Cell Proliferation under Hypoxia

J Immunol 2011 186:764-774; published ahead of print December 17, 2010, doi:10.4049/jimmunol.0903421

これもいけてますよ。少し複雑だけど。

今朝すごく怖い夢をみたのですが今夜も同じのみたら発狂するかも。

関連するエントリー:

• 手に職つけよう !?
• Ominiplus Ultraってすごいの？
• 「がんばれよ。」ー「よし来た。」
• 正式にaccept
• 論文がアクセプトされました

今日のtweetです。

論文、ストーリーを吟味せずに書き出すとひどいことになる。
設計図引かずに家を建て始めるのと同じ。
途中で傾きだしてもどうしようもない。

という訳で肝に銘じておきたいものです。
@rkmtさんのtweetでした。

NEJMに
Fondaparinux for the Treatment of Superficial-Vein Thrombosis in the Legs

N Engl J Med 2010; 363:1222-1232September 23, 2010

という論文があってこれはこれで良いのですが問題はこの論文の Editorialです。

Superficial Phlebitis and Phase 3.5 Trials

N Engl J Med 2010; 363:1278-1280September 23, 2010

Phase3.5 trialってなんだろうというわけです。
すこし引用すると

In the article by Decousus et al., about 88 patients needed to be treated with fondaparinux to prevent one nonfatal episode of deep-vein thrombosis or pulmonary embolism. We found that in New York City, the price of a 45-day regimen of 2.5 mg of fondaparinux once daily ranged from $2,124 to $7,380 at four major pharmacies. Even at the lowest quoted price and considering the 98.3% estimated adherence rate, the cost of the treatment for 1500 patients would be about $3.13 million. On the basis of the incremental 1-year costs for the medical care of a patient with a pulmonary embolus or deep-vein thrombosis,11 an estimated $250,000 or so in medical care costs would be averted, resulting in a net cost of fondaparinux treatment of about $2.88 million, or about $1,900 per treated patient, without any lives saved.

要するに効果があることは認めるが効果の程度に比較して値段が高すぎませんかという訳です。

On the basis of these issues, we recommend that the Food and Drug Administration give serious thought to mandating phase 3.5 trials to document the costs, the effects on quality of life, and the cost-effectiveness of new interventions so as to reach a consensus regarding their worthiness. Until such data are available and consensus is reached, it would seem premature to recommend that fondaparinux be used routinely in the treatment of superficial-vein thrombosis.

という訳でcost-effectiveness of new interventionsを見極めるためのPhase 3.5 trialをしろという訳です。

どんどん冷えてきてますね。

[追記]
New York Timesでも取り上げられていました。
Medical Journal Challenges a Study

関連するエントリー:

• “My song Your song”
• 関節痛を自覚　インフルエンザか
• E.R. confusion
• 学費がタダ
• 今日の比叡山

さっき調べたら6つも共著論文がありました。

80回以上引用されたの論文が１つー時分でいうのもなんですがこれは確かに良い論文ですー

30回以上が延べ２つ

20回以上が延べ3つ

ということで有意義な共同研究であったと言えると思います。

関東でもご活躍下さい。

Natureに出ていた
Nitrite-driven anaerobic methane oxidation by oxygenic bacteria

Nature 464, 543-548 (25 March 2010)

Methane-eating microbes make their own oxygen

Published online 24 March 2010 | Nature | doi:10.1038/news.2010.146

にはびっくりしましたね。自分で酸素を作って使っている生物(Methylomirabilis oxyfera)があるのですね。

Scienceの
β2-Adrenergic Receptor Redistribution in Heart Failure Changes cAMP Compartmentation

Science 2010:Vol. 327. no. 5973, pp. 1653 – 1657

にもびっくり。ここまでくるとまさに芸術だな。

投稿していた論文のreviseが終わりました。所要時間３０分でした。
今年は12本の論文を出すことに挑戦しますよ。

関連するエントリー:

• Ominiplus Ultraってすごいの？
• “Ten for the Next Ten” by Bono
• 信じるものは救われる !?
• plagiarism in scientific publication
• 技あり

Hypoxia converts the myogenic action of insulin-like growth factors into mitogenic action by differentially regulating multiple signaling pathways

PNAS published online before print March 15, 2010, doi:10.1073/pnas.0909570107

これは着眼点が秀逸だと思います。

聞いたこともない雑誌から二つ

Atmospheric oxygen level and the evolution of insect body size

Proc Biol Sci. 2010 Mar 10. [Epub ahead of print]

The effect of hypoxia-inducible factor 1-alpha on hypoxia-induced apoptosis in primary neonatal rat ventricular myocytes.

Cardiovasc J Afr. 2010 Jan-Feb;21(1):37-41.

後者は大学からでは全文を読むことができません。面白そうなのですがくだらん論文かもしれません。

NatureにOminiplus Ultraの話が出ていました。
The Omniplus Ultra

Nature 464, 316 (11 March 2010) | doi:10.1038/464316a; Published online 10 March 2010

スゴそうです。
こんな形をしているのだそうです。

最後まで読んでみるとOmniplus Ultraの片鱗に触れることができるかもね。

横光利一に”春は馬車に乗って”という小説があります。

なんか今の季節にピッタシの小説のような気が一瞬するのですが内容は結構酷い話なのですが、なんか酷くは思えないという不思議な短編です。
「火の魚」の女性編集者　折見は敬愛する３人の小説家としてトルーマン・カポーティ、アントン・チェーホフと横光利一を挙げるのですがこの小説を”本歌取り”しているのかもしれません。

読みたい人は青空文庫でどうぞ。

明日はポリクリをしている最中に某会議があって麻酔もしているハズなのですがたぶん大丈夫じゃないな。

関連するエントリー:

• カンテツ
• 田中先生の論文がPLoS ONEにアクセプトされました　甲斐先生の論文も出ました
• 今日の比叡山
• 技あり
• 今年は12本を目指すぜ

 Antioxid Redox Signal 10 Mar 2010.

Prabhakar博士によりGLS頌
まるでノーベル賞受賞者をたたえているような論文です。

Table 1とTable２にはおどろく

Table1はGLS論文のうち1000回以上引用された論文のlist

Table２は100回以上引用されている論文のlist
ぼくが共著者になっているのは5つあります。5/77X100=6.5%の貢献度だ。

関連するエントリー:

• 酸素分圧感知機構，ホメオスタシス，疾患
• 第７回がんとハイポキシア研究会@京都
• おみやげ
• ”The Unwisdom of Elites”と「化粧する脳」
• “GREGG SEMENZA NAMED CANADA GAIRDNER INTERNATIONAL AWARDEE”

東山は日の出が遅く最近では職場に到着したところでようやく太陽が山の端に顔を出します。

この二つの論文はけっこうおもしろかった。

Inhibition of Hypoxia Inducible Factor 1-Transcription Coactivator Interaction by a Hydrogen Bond Surrogate alpha-Helix.

J Am Chem Soc. 2009 Dec 30. [Epub ahead of print]

Bistability of Mitochondrial Respiration Underlies Paradoxical Reactive Oxygen Species Generation Induced by Anoxia

PLoS Comput Biol. 2009 Dec;5(12):e1000619. Epub 2009 Dec 24.

これにもびっくり

Heart failure causes cholinergic transdifferentiation of cardiac sympathetic nerves via gp130-signaling cytokines in rodents

J Clin Invest. doi:10.1172/JCI39778.

院生の田中先生の論文が二つともMEDLINEに入りました。

Persisting mild hypothermia suppresses hypoxia-inducible factor 1{alpha} protein synthesis and HIF-1-mediated gene expression.

The intravenous anesthetic propofol inhibits lipopolysaccharide-induced hypoxia-inducible factor 1 activation and suppresses the glucose metabolism in macrophages.

New York TimeにBonoの論説が載っていました。

Ten for the Next Tenということで次の10年注目の10項目をBonoが解説するというものです。
なぜか

A Person (Dr. William Li) and a Word (Angiogenesis)

Angiogenesis is the process by which new blood vessels grow. This is good — except when it’s very bad, as in the case of cancerous tumors. Blood vessels are their supply lines. Dr. William Li of the Angiogenesis Foundation has called research in this realm the “first medical revolution of the 21st century,” and he should know. (I shouldn’t, given my lack of a medical pedigree, but I learned about it from my bandmate the Edge, who supports Dr. Li’s foundation.) Work on angiogenesis inhibitors is at the vanguard. In a world worrying about whether it can afford health care, advances in prevention are at a premium.
Factoid: Cancers start as tiny nests of malignant cells that do not enlarge until they recruit new vessels to deliver oxygen and nutrients; then a cancer can expand 16,000 times in only two weeks.

こんなのも入っています。解ってるのかな本当に。
NYTではBonoは

Bono, the lead singer of the band U2 and a founder of the advocacy group ONE and (Product)RED, is a contributing columnist for The Times.

こんな風に紹介されていました。
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reviewerのコメントも三行ずつしかなかったので通ることはわかっていたのですがなんで三週間も待たされたのかよくわかっていません。年を越えたら申し訳ないと思ったのでしょう。この時期に返事があるのは結構頻度が高いような気がします。
低酸素誘導性遺伝子応答に温度が及ぼす影響をin vitro, in vivoで解析したものです。これは全く今までなかった観点です。良く引用される論文になりh-indexを上げてくれる論文になると思います。
よかったです。

Abstract

The transcription factor hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) plays an essential role in regulating gene expression in response to hypoxia/ischemia. Ischemia makes the tissue not only to be hypoxic but also to be hypothermic because of the hypoperfusion under certain circumstances. On the other hand, the induced hypothermia is one of the most common therapeutic modalities to extend tolerance to hypoxia. Although hypoxia elicits a variety of cellular and systemic responses at different organizational levels in the body, little is known about how hypoxia-induced responses are affected by low temperature. We examined the influence of mild hypothermic conditions (28-32 ˚C) on HIF-1 in both in vitro and in vivo settings. In vitro experiments adopting cultured cells elucidated that hypoxia-induced HIF-1 activation was resistant to 4h-exposure to the low temperature. In contrast, exposure to the low temperature as long as 24 h suppressed HIF-1 activation and the subsequent up-regulation of HIF-1 target genes such as VEGF or GLUT-1. HIF-1α protein stability in the cell was not affected by hypothermic treatment. Furthermore, intracelluar ATP content was reduced under 1% O2 conditions but was not largely affected by hypothermic treatment. The evidence indicate that reduction of oxygen consumption is not largely involved in suppression of HIF-1. In addition, we demonstrated that HIF-1 DNA binding activity and HIF-1-depenedent gene expressions induced under 10% O2 atmosphere in mice brain were not influenced by treatment under 3 h-hypothermic temperature but inhibited under 5 h-treatment. On the other hand, we indicated that warming ischemic legs of mice for 24 h preserved HIF-1 activity. Here we describe first time that persisting low temperature significantly reduced HIFα neosynthesis under hypoxic conditions, leading to decrease in gene expression for adaptation to hypoxia in both in vitro and in vivo settings.

Keywords;

hypoxia, hypothermia, hypoxia-inducible factor 1, ischemia

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PNAS published online before print October 1, 2009, doi:10.1073/pnas.0909353106

これはすごいのでは

しかし、本当に微妙ないい所に眼をつけるな〜

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（そのうちにiPhone userになると思います彼も）

Inhibition of Prolyl Hydroxylase Domain-Containing Protein Suppressed Lipopolysaccharide-Induced TNF-{alpha} Expression.

Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2009 Sep 17. [Epub ahead of print]
PMID: 19762779 [PubMed - as supplied by publisher]

HIF-a hydroxylase inhibitionで代用できる部分とそうでない部分が低酸素にはあるので、ここら辺はしっかりと考えないといけないです。

以前紹介したことがある

昨日机廻りを整理していて再発見
読み直すとほんと味わいがあるいい本です。
やっぱり二回は繰り返し読まないとね。

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Cellに
The Antioxidant Enzyme Prdx1 Controls Neuronal Differentiation by Thiol-Redox-Dependent Activation of GDE2
Cell, Volume 138, Issue 6, 1209-1221, 18 September 2009
Ye Yan, Priyanka Sabharwal, Meenakshi Rao, Shanthini Sockanathan
という報告がありました。
かなりおもしろいと思います。

机廻りがこんなになっています。
広いスペースがほしいなー

Dropboxというwebサービスを使っています。
2GBのstorage spaceをタダで使わせてくれて専用のアプリをインストールするとある特定の folderの内容が常に webと同期してくれます。何台かのMacで fileの同期が取れるわけです。
研究室の先生方を誘い2GBを3GBまで拡張して使っていたのですが昨日あるweb pageを見てこれは使えると思い立ち今日 50GBまでのサービスに upgradeしてしまいました。一年で $99です。MobileMeでApple社に毎年同じくらいのお布施をしていることを考えれば毒を喰らわば皿までとも言えます。
シンボリックリンクの考えを理解するといろんな使い方ができるようになるのですね。
便利便利

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「１Ｑ８４」に続編

ちゃんと読めば続編があることはわかるよ
昨日というか木曜日の夕方からずっと某作業を続けいます。日曜日中には終わらせるよと決意を表明しておきます。

とにかく9月は踏ん張らんと10月になるといやおう無く〆切りが押し寄せてきます。他人と約束しているのは何があってもやらんといけないし…

とにかく飯喰って寝ます

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35歳と40歳以上は心電図検査があります。電極を装着されたらなぜか緊張してしまい肩の力を抜いて下さいとか膝の後ろの力を抜いて下さいとか注意を受けてしまいました。

それでも昨年に較べ体重・腹囲が大幅減。

それにしてもK先生、健診なんだからケーキたらふく食べてきたらダメですよ。

JBCに

Mint3 enhances the activity of hypoxia-inducible factor-1 in macrophages by suppressing the activity of factor inhibiting HIF-1

これはかなりいい論文だと思います。もっとしっかり読んでいろいろと考えたくなっています。

factor inhibiting HIF-1ってFIH-1 の事です。念のため。

New York Timesに

Japan Comes of Age

という論説が掲載されていました。

authorは作家の村上龍です。えらく流暢な英語を書くなと思ったら日本語で書いたもの翻訳だそうですーびっくりしたー。

政権交代というのはまさに日本が普通の国になる通過儀礼のようなものなのでしょう。

[追記]

JEMのこれはよい

Ajit Varki: On the origin of maladies

最後のほうでいいこと言ってます

We run into it a lot. Even though I’m a hematologist, I rarely publish in hematology journals. I’m into infectious diseases, immunology, neuroscience, reproductive biology, and so, yes, I encounter resistance to many of my findings. But the great thing about science is that it all comes out in the wash in the end. You just have to hope that it comes about in your lifetime. You don’t want to be like Alfred Wegener, who died on an expedition trying to get more proof for plate tectonics because everybody was castigating him for how bad his theory was. Or Copernicus, who wrote his final treatise on the fact that the Earth went around the Sun on his deathbed.

I’m not saying that my work is nearly as important as theirs, but that all unexpected findings are met with skepticism. Of course, the nice thing about working on something totally different is that there isn’t much competition, so you can take your time and do things right.

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